Seyyid Yahyâ’nın kabri başındaki istihâre
Çelebi Halife, uzun bir ilim tahsilinden ve farklı sûfî çevrelerle temasından sonra Halvetiyye şeyhlerinden Şeyh Tâhir’e bağlandı. Şeyh Tâhir bir müddet sonra onun güçlü istidadını görerek artık kendisini irşad etmeye gücünün yetmeyeceğini, Seyyid Yahyâ-yı Şirvânî’ye gitmesi gerektiğini söyledi. Çelebi Halife Şirvan’a doğru yola çıktı; Azerbaycan’da Pîr Ahmed’le karşılaştığında, Seyyid Yahyâ’ya ulaşmasının güç olduğunu fakat geri dönerse muradına ereceğini bildiren işaretli bir söz işitti.
Menâkıbnâmeye göre Çelebi Halife Şirvan’a girdiği gün Seyyid Yahyâ vefat etmişti. Cenaze namazına katıldı; geceyi onun kabri başında istihâreyle geçirdi. Rüyasında Seyyid Yahyâ kendisine, mârifet emanetinin Pîr Ahmed’e teslim edildiğini ve halifelerinin halifesinin o olduğunu söyleyerek geri dönmesini bildirdi. Çelebi Halife yeniden Pîr Ahmed’e ulaştı, sohbetinde bulundu, irşad icâzeti aldı ve Anadolu’ya gönderildi.
Üsküdar’daki üç akçe ve İstanbul’a geçiş
Bir müddet Tokat ve Amasya’da kaldıktan sonra II. Bayezid’in daveti üzerine yüz kadar dervişle Üsküdar’a geldi. Kışın kar ve yağmur altında üç gün beklemelerine rağmen deniz geçit vermedi. Dervişler araştırılınca birinin yanında üç akçe bulundu. Çelebi Halife gecikmeye bu gizli birikimin sebep olduğunu söyleyerek parayı denize attı; rivayete göre hava hemen açıldı. Padişahın gönderdiği kadırgayla İstanbul’a geçildi.
İstanbul’da âlimler, şeyhler ve devlet erkânı onu ziyaret etti. Kapıcıbaşı Hacı Muslihuddin’in girişimi ve II. Bayezid’in tahsisiyle Yedikule civarındaki eski kilise yerinde hankâh, cami, medrese, imaret ve hamamdan oluşan bir merkez kuruldu. Menâkıbnâme, Çelebi Halife’nin burada dokuz yıl kadar irşadla meşgul olduğunu ve çevresinde geniş bir halife ağı oluştuğunu bildirir.