Cemâl-i Halvetî'nin son yolculuğu bir salgınla ilgilidir: padişah tarafından veba hastalığına yakalananlara dua etmesi için kırk dervişiyle beraber hacca gönderilmiş, Koca Mustafa Paşa'daki dergâhta yerine Sünbül Sinan'ı vekil bırakarak yola çıkmıştır. İstanbul'dan ayrılırken Sünbül Sinan'a haber gönderip kendisinin de hacca gelmesini istediğini bildirmiş, fakat yolda Tebük yakınlarında vefat ettiği için bu buluşma gerçekleşmemiştir. Vefatına “kad mâte şâh-ı evliyâ” (899) cümlesi tarih olarak düşürülmüştür.
Vefat yılı kaynaklarda tam örtüşmez. Kayıtların bir kısmı 899 (1494) tarihini verir. Bir başka kayıtta ise aynı olay iki ayrı yerde farklı yıllarla anılır: bir yerde “Tebük yakınlarında 899/1496 yılında vefat etti” denirken, başka bir yerde Koca Mustafa Paşa hankahında yaklaşık on-on bir yıl irşadda bulunduğu belirtilip vefat 903/1497 olarak verilir. Hicrî 899 karşılığının 1494 olduğu göz önüne alınırsa bu kayıtlar arasındaki fark hem hicrî yılda hem çevrimde ortaya çıkmaktadır.