Hilâfet aldıktan sonra Ali Alâeddin Köstendilî, Nûreddin Cerrâhî’ye Süleyman Veliyyüddin ve Mehmed Hüsâmeddin’i refakatçi verdi. Onları Karagümrük’te Canfedâ Hatun Camii’nin yanındaki küçük halvethaneye gönderirken, bu çevrede yakında bir dergâh açılacağını ve Nûreddin’in ömrünün sonuna kadar burada irşadla meşgul olacağını söyledi. Kaynak, halvethanenin cami müezzini İsmail Efendi tarafından mânevî bir emir üzerine yaptırıldığını aktarır.
Nûreddin Cerrâhî ve arkadaşları Balat iskelesinden karaya çıkıp camiyi sora sora buldular. Kapıda karşılaştıkları İsmail Efendi’nin onu adıyla tanıdığı; Nûreddin’in de “Siz de bizi bekleyen İsmail Efendi değil misiniz?” diye cevap verdiği anlatılır. Anahtar teslim edildi ve üç derviş burada erbaîn çıkarmaya başladı. İftarları bazen müezzin, bazen karşı konaktaki Hacı Molla Efendi tarafından gönderiliyordu.
Halvethanenin yanındaki konağın sahibi Bekir Efendi’nin vefatından sonra konak satışa çıkarıldı. Nûreddin Cerrâhî, dergâh kurulabilmesi için konağa talip oldu. Envar, Sultan III. Ahmed ile Dârüssaâde Ağası Beşir Ağa’nın gördükleri rüyaların ardından konağın alınarak dergâha çevrilmesi emrinin verildiğini nakleder. Bina 1115/1703’te, Miraç gecesine rastlayan bir pazartesi günü açıldı. Böylece küçük halvethane, Cerrâhiyye’nin Karagümrük Âsitânesi’ne dönüşen kurumsal merkezinin başlangıcı oldu.