tarikat.orgİlmî meselelerde tâviz vermediği, hatta sert mizaçlı Yavuz Sultan Selim'e bile karşı çıktığı kaynaklarda anlatılır. Görevlilere hukukî kurallar çerçevesinde ceza verileceğini, padişahın emriyle katledilemeyeceklerini, idamın mahkeme kararından sonra müftünün fetvasıyla mümkün olabileceğini çekinmeden padişaha söylediği ve birtakım şahsî uygulamaların önüne geçtiği, padişahın yetkisinin sınırlarını da belirlediği ileri sürülür. Rivayete göre bir defasında Yavuz Sultan Selim'e, "ahkâm-ı şer'iyyeye mugayir" infazda bulunacak olursa hal'ine fetva vereceğini açıkça söylemiştir. Padişah yönetimle ilgili vereceği kararlara karışmamasını sert bir dille bildirince o da izin almadan hiddetle padişahın yanından ayrılmış; bu davranışının yanlışlığını sonradan anlayan Yavuz Sultan Selim ona iltifatta bulunup Anadolu ve Rumeli kazaskerliklerini vermeyi teklif etmiştir.
Bir başka anlatımda padişahın, bunların dünyevî işler sayıldığını ve müftünün sadece dinî meselelerde yardımda bulunması gerektiğini söylemesine karşı çıkarak padişahların hem dinlerini hem dünyalarını gözetmenin şeyhülislâmın başlıca vazifesi olduğunu belirttiği kaydedilir; kaynaklar bu hadiseyi şeyhülislâmlık açısından yeni bir anlayışın habercisi olarak yorumlar. Bununla birlikte bu tür rivayetlerin, aslında yeni bir resmî kurum halinde teşekkül etmekte olan şeyhülislâmlık makamının önemini vurgulamaya yönelik olma ihtimalinin çok yüksek olduğu da belirtilir.