Şems, Sultan Veled'e kendisini Mevlânâ'dan ayırmak istediklerini, bu defa ortadan kaybolduktan sonra kimsenin izini bulamayacağını söyledi ve bir gün ansızın kayıplara karıştı (645/1247).
Eflâkî, kaybolmadan önce suikast teşebbüsü olduğunu anlatır: yedi kişilik bir grup hücrenin önüne gelmiş, biri Şems'i dışarı çağırmış; Şems Mevlânâ'ya “Beni öldürmek için çağırıyorlar” deyip çıkmış, o anda kendisine bir bıçak saplanmış, şiddetli bir nâra atıp kaybolmuş, ardından birkaç damla kandan başka bir şey görülmemiştir. Eflâkî suikastçılar arasında Mevlânâ'nın oğlu Alâeddin'in de bulunduğunu ve babasının cenazesine katılmadığını söyler.
Çerçeve. Sipehsâlâr yalnız Alâeddin'in kıskançlığından ve Şems'in bir uyarısına tepki gösterip durumu halka anlatmasından söz eder. Devletşah ise bu söylentinin kesinlikle doğru olmadığını ifade eder. Kabri hakkında da iki rivayet vardır: bir rivayette kuyudan çıkarılıp medresenin mimarı Emîr Bedreddin'in yanına, bir başkasında Bahâeddin Veled'in yanına defnedilmiştir.