Muhammed Zâhid Efendi, bugün Tacikistan sınırları içinde bulunan Hisar (Duşenbe) kenti yakınındaki Vahşuvar (Vahş) köyünde doğdu. Onun Yakub-ı Çerhî’nin soyundan geldiği rivayet edilmektedir.945 Doğum tarihi hakkında henüz kayıtlı bilgiye ulaşılamamıştır. Bazı kaynaklarda Muhammed Zâhid ile Ubeydullah Ahrâr’ın diğer bir halifesi Kâdı Muhammed’in (Muhammed Kâdı)946 (ö.921/1515) isimleri karıştırılarak bu iki zat aynı şahıs gibi takdim edilmektedir.947 Adları geçen bu iki zâtın isimlerinin karıştırılması Kâdı Muhammed’e ait olan eserlerin Muhammed Zâhid’e atfedilmesine de neden olmuştur. Hâlbuki kaynaklarda Muhammed Zâhid’in eser yazdığına dair herhangi bir kayıt bulunmamaktadır. Ancak yukarıda adları zikredilen bu zâtların her ikisi de Ubeydullah Ahrâr’a müntesip olmalarına ve aynı dönemde yaşamalarına rağmen ayrı şahıslardır. Kadı Muhammed’e dayanan silsile Nakşbendî-Kâsânî’dir.
Kaynakların bazısında mevcut olan bu karışıklık günümüzdeki bazı yüzeysel çalışmalarda da tekrar edilmektedir. Muhammed Zâhid, zâhirî ilimlere ait ilk dersleri memleketinde tahsil etti. Daha sonra ileri düzeydeki dersleri ve ilimleri bölgedeki tanınmış bazı âlimlerden tahsil ederek zahir ilimlerine dair eğitim-öğretim sürecini tamamladı. Muhammed Zâhid gençliğinden itibaren tasavvufî hayatla ilgilendi. Onun genelde zühd ehli bir zât olduğu ve münzevî bir hayat yaşadığı kaydedilmektedir.948 Zâhirî ilimleri tahsilinin ardından belli bir usulde tasavvufî terbiyeyi almak üzere arayışa başladı. Bu doğrultuda çeşitli tarikatlara mensup bazı şeyhlerden ders aldı. Ancak bu ilk arayışlarından beklediği neticeyi alamayan Muhammed Zâhid, mânevî bir işaretle Nakşbendiyye silsilesinin önemli isimlerinden biri olan